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对电子的运动做了适当的数学处理，提出了二阶偏微分的的薛定谔方程式。这个方程式的解，如果用三维坐标以图形表示的话，就是电子云。在不同的时代，人们对电子在原子中的存在方式有过各种不同的推测。早的原子模型是汤姆孙的梅子布丁模型。
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发表于1904年，汤姆逊认为电子在原子中均匀排列，就像带正电布丁中的带负电梅子一样。1909年，的卢瑟福散射实验翻了这模型。卢瑟福根据他的实验结果，于1911年，设计出卢瑟福模型。在这模型里，原子的绝大部分质量都集中在小小的原子核中，原子的绝大部分都是真空。
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像差修正穿透式电子显微镜。能够将分辨率降到低于0.05nm，足够清楚地观测个别原子。这能力使得电子显微镜成为，在实验室里，高分辨率成像不可缺少的仪器。但是，电子显微镜的价钱昂贵，保养不易；而且由于操作时，样品环境需要维持真空，科学家无法观测活生物。
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